Seigneurie d'Henri de Montmorency, à dater de l'année 1586, Fère n'échappe pas aux violences et aux désordres nés des guerres de religion : Henri IV, qui guerroie dans les environs, s'y arrête le 24 novembre 1590 et couche (dit-on) dans une chambre de la vieille hôtellerie du Pot d'Étain ; il reviendra dans la cité, le 6 juillet 1592 et plus tard, alors que la baronnie a été de plus en plus délaissée par ses seigneurs, le roi Louis XIII y entre, le 17 mai 1635, « accompagné de son inséparable cardinal », à la veille de la déclaration de guerre à l'Espagne. Pour ce qui est du domaine seigneurial, la gestion à l'ancienne mode est finie, Fère est « livrée à la bourgeoisie ».
Depuis le début du XVII^e siècle, c'est l'ère de la ferme générale, l'abdication de la gestion personnelle ; trois receveurs sont les maîtres, contre une redevance annuelle en écus. En 1746, le Conseil de Sa Majesté donne aux villes qui ne possèdent pas de corps municipal le droit d'en nommer un, en compensation d'une taxe sur les boissons : à Fère, la municipalité a 14 membres, ce qui coûte cher à la ville, mais pendant ce temps, « le prestige seigneurial dépérit avec le château ». Une verrerie est créée dans la cité, rue du Pont, l'industrie et le commerce prospèrent, pour le plus grand bien des forêts voisines, mais la santé et l'hygiène sont défectueuses et la mortalité infantile est considérable.
Dix ans avant la Révolution, on constate que le château est si délabré, les réparations nécessaires si coûteuses et l'agencement intérieur si inadapté au mode de vie de cette fin du XVIII^e siècle qu'on doit entreprendre sa démolition. Les enchères pour la totalité des matériaux monteront à 16 400 livres et la chute des bâtiments coûtera la vie à deux hommes. Est-ce la fin de l'ère seigneuriale ? Apparemment non, puisque les Férois témoignent spontanément de leur attachement à leur seigneur, le duc de Chartres, lors de son mariage et que le maire, un échevin et un conseiller sont retenus à dîner au château de Villers-Cotterets pour l'occasion. Toutefois, le duc prend en main la gestion de la seigneurie, alors que la ville croule sous les charges publiques et que les difficultés financières occupent les esprits. Des temps nouveaux sont proches.