La terre sur laquelle se dresse la localité n'a été apprivoisée que très tard, notamment du fait de la forêt dense qui s'imposait, domaine des fauves et des ours. Les voies romaines encadraient alors à une large distance la région de Levier. C'est au milieu du XIIe siècle qu'un ermitage apparaît : là se retirait pour la contemplation et l'austérité un religieux du prieuré de Mouthiers-Hautepierre.
A partir de 1260, Levier dépend presque dans son entier de la maison de Chalon. Après l'affranchissement des habitants de la serre de Montmahoux en l267, c'est en 1309 le tour des villages de Levier et de Gevresin. La population élit alors chaque année des prudhommes, magistrats municipaux chargés de la gestion de la commune. En revanche, la justice demeure entre les mains du châtelain de Montmahoux.
Pidoux de la Maduère évoque l'avenir sombre qui se dessine : « Depuis la fin du Xve siècle, l'histoire de Levier est une triste chronique du feu ». Le premier incendie, rapporté dans une brève chronique latine de 1741, date de l'invasion des Suisses. Ces derniers, battus par les Comtois devant le château de La Rivière, incendient les villages des environs avant de se retirer. Au XIXe siècle le feu sévit également : les 13 et 14 septembre 1855 et le 11 mai 1885.
Parmi les personnalités illustres natives de Levier, l'auteur mentionne le professeur de droit Jean-Jacques Bugnet, premier commentateur du Code civil ; les frères jumeaux Alexis et Nestor Cretin, qui font fortune dans les fromages et la banque, et multiplient les dons aux oeuvres d'éducation, de bienfaisance et d'utilité publique (Levier leur doit le pensionnat Saint-Joseph). Nous retrouvons dans l'ouvrage d'André Pidoux de la Maduère de multiples aspects de la riche histoire de Levier.